У Свято-Пафнутьева монастыря есть два действующих подворья:
храм в честь Покрова Божией Матери (мкрн.Высокое, г. Боровск)
и храм Преображения Господня «Спас за Верхом» (г. Калуга).
Послушание настоятелей подворий несут насельники Пафнутьева-Боровского монастыря.
